Klub założyli w 1930 robotnicy budowlani i bezrobotni z gdyńskiej dzielnicy Grabówek. We wrześniu 1931, przy wsparciu Gdyńskiej Spółdzielni Mieszkaniowej, Robotniczy Klub Sportowy Bałtyk został członkiem PZPN. Pierwszym prezesem klubu został Kazimierz Werner. Jeszcze przed wojną stał się klubem wielosekcyjnym. Do 1937, pod wpływem działaczy PPS, klub miał barwy czerwono-amarantowe. Przed wojną klub odgrywał olbrzymią rolę w kształtowaniu się gdyńskiego środowiska robotniczego oraz popularyzacji piłki nożnej na Wybrzeżu. Już w 1935 awansował do klasy A (zaplecza I ligi). Jego dalszy rozwój przerwała II wojna światowa. W 1939 dochód z wielu meczów przeznaczany był na dozbrojenie Wojska Polskiego. W tym samym okresie klub udzielał gościny sportowcom gdańskiej Gedanii, wyrzuconych przez hitlerowców ze swojej siedziby przy Heeresanger Straße (dziś ulica Legionów w Gdańsku). Oprócz rozgrywek między drużynami, wystawiły one wspólną reprezentację Bałtyk-Gedania w boksie. Ostatnim przed wojną prezesem klubu był dyrektor gdyńskiej stoczni Jerzy Michalewski, będący równocześnie komendantem obrony cywilnej w Gdyni. Został on przez ruch oporu ewakuowany i pełnił później rolę łącznika między AK i gen. Sikorskim. Los wielu ówczesnych działaczy i zawodników jest do dziś nieznany. Wielu z nich oddało swe życie w walce za ojczyznę.

Pierwszy powojenny spektakularny sukces Bałtyku przyniósł rok 1959, w którym to klub awansował do II ligi. W ten sposób Bałtyk stał się pierwszym zespołem, który wywalczył dla Gdyni ligę piłkarską na szczeblu centralnym. W 1970 r. RKS Bałtyk został przemianowany na SKS Bałtyk. W 1980 Bałtyk awansował do ekstraklasy i jako beniaminek znalazł się na 6. pozycji, klub dzielił tylko 1 punkt od pozycji wicelidera, co dawałoby możliwość gry w europejskich pucharach. W lidze spędził 7 sezonów. Zespół występował także w Pucharze Intertoto. W latach 90. klub przeżywał kłopoty natury finansowej i organizacyjnej, co było przyczyną trudnego dla klubu okresu. W sezonie 2008/2009 Bałtyk występował w rozgrywkach III ligi bałtyckiej (grupa pomorsko-zachodniopomorska), w których to wywalczył awans do II ligi zachodniej. Klub rozegrał 210 spotkań w ekstraklasie i 608 w II lidze (stan na 3 lipca 2015).

W latach 80. klub zrzeszał we wszystkich swoich sekcjach przeszło 2000 sportowców. Był to szósty pod względem liczebności wielosekcyjny klub w kraju.